Gaussian输入文件概述
Gaussian初学者往往会使用GaussView来创建输入文件,但GaussView不是万能的,很多关键词是没法用GaussView输入的,必须手动编辑输入文件才能进行相关计算。因此我们必须先了解Gaussian输入文件的规则与写法。
输入文件概述
下面是一个输入文件示例:
%chk=H2.chk
%mem=1GB
%nprocshared=4
#p opt freq b3lyp/def2svp
title
0 1
H 0.0 0.0 0.0
H 0.0 0.0 0.6
主要由五部分组成:
- Link 0命令段
- Route部分
- Title部分
- 分子说明部分
- 额外输入部分
1. Link 0命令段
这部分每行以%开头,用来控制Gaussian的计算资源分配。
检查点文件
%chk=filename.chk
这是一个二进制文件,其中包含了大量在输出文件中没有包含的更细节的计算结果,也常常用于作业的重启,若不写,则不生成检查点文件。
内存分配
%mem=100MW
可分配给该任务的最大内存,对于并行作业,是所有进程的内存之和,这和其他某些用MPI或PVM等来实现并行的程序不同。单位MW表示兆word,一个word为8个字节。也可使用我们熟悉的MB、GB等单位。
进程数控制
%nprocshared=12
表示使用12个核并行。注意,对于开启了超线程技术的计算机,不建议使用超过实际物理核数的线程数。
以上是三个最常见的命令,对于更高级的比如指定临时文件目录、分不同位置存储临时文件、是否保存临时文件等功能,可参考官方手册。
2. Route部分
以#开头,若想在输出文件中看到更多信息,比如Hartree-Fock计算的每一步能量,可以用#p。后面指定计算所用的方法、基组、方法控制相关的关键词、要计算的性质、计算的算法等等。
高斯的关键词书写不分先后,比如opt和freq,程序会自动先优化结构再计算频率。
这一部分可以写在连续的几行中,最后以一个空行结束,通用的格式为
#p method/basis keyword1=(option1,option2) keyword2=(option1,option2, ...) ...
3. Title部分
这一行内容随意,可以写一些类似编程时的注释语句,比如说明这是什么体系,计算目的等等,尽量不要使用特殊字符,不要使用control+字母的组合。可连续多行书写,最后以空行结束。
4. 分子说明部分
电荷与自旋多重度
两者成对出现,在某些特殊计算如BSSE计算、ONIOM模型计算中可能有多套电荷和多重度。
分子结构
这部分可用直角坐标也可用内坐标,内坐标相对复杂,此处不多做介绍。直角坐标为元素符号加xyz三个坐标分量,一些特殊类型的计算中还会有其他信息。注意这部分的数字必须有小数点。分子结构可来源于实验数据或使用GaussView等建模软件获得。
这部分一定要以空行结束,一般的任务至此输入文件就已经完成。若不在结尾空一行,程序将无法运行。
5. 额外的输入信息
对于一些特殊的计算任务,常常会有一些额外的输入信息,与Route部分的关键词配合使用,例如混合基组的使用,自定义基组的使用,溶剂模型参数等等。此处不多做介绍,后面涉及具体任务时再介绍。
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